De werkbonus verloopt vanaf 2014 via de inhouding van loonheffing bij de werkgever. Hiervoor is gekozen omdat de werknemer zo iedere maand dat hij werkt een deel van de werkbonus waar hij recht op heeft, terugziet in de vorm van een hoger nettoloon. De werkbonus over 2013 wordt via de aangifte automatisch verrekend in de inkomstenbelasting.

De werkbonus voor 61- tot 64-jarigen wordt vanaf 2015 afgeschaft voor nieuwe gevallen. Vanaf 2018 verdwijnt de werkbonus helemaal.